С 1981 по 1991 год работал в тресте «Мособлстрой-21», прошел путь от рабочего-трубоукладчика до начальника СМУ-7 города Железнодорожного. С 1987 по 1989 год занимал выборную должность — председателя объединенного профсоюзного комитета треста «Мособлстрой». Работу совмещал с учёбой в вузе. Окончил Всесоюзный заочный инженерно-строительный институт. Затем Российскую академию государственной службы при Президенте Российской Федерации. Избран членом-корреспондентом Российской инженерной академии. Под руководством Жиркова Евгения Ивановича в Железнодорожном было введены в строй множество объектов как промышленного, так и гражданского строительства: 6-я насосная станция, здание водоканала и бомбоубежище, промышленная база и несколько жилых домов на улицах Пролетарской и Юбилейной.
В 1991 году Жирков Евгений Иванович создал строительную компанию «Скопа», занимавшуюся возведением различных зданий (жилые дома на улицах Пушкинская, Центральная, Лесные поляны, школа № 6 в микрорайоне Саввино, торговый центр «Юнион», социальные объекты в Балашихинском районе Подмосковья). Деятельность ООО «Скопа» отмечалась дипломами на конкурсах Московской области в 1999—2000 и 2003 годах. В 2002 и 2003 годах компании было присуждено звание лауреата — победителя Всероссийского конкурса «Лучшие из лучших».
В 2001 году Жирков Евгений Иванович избрался депутатом Совета депутатов городского округа Железнодорожный по второму избирательному округу, получив поддержку 28,45 % горожан.
7 декабря 2003 года победил на выборах Главы городского округа Железнодорожный. Был переизбран в 2008 году, получив поддержку 89 % горожан и в 2013 году, когда за него проголосовало 76 % избирателей. 8 сентября Евгений Жирков одержал убедительную победу на выборах главы городского округа Железнодорожный, набрав около 76,71 % голосов избирателей, при явке более 50 %.. 23 сентября 2014 года Евгений Жирков стал главой городского округа Балашиха. Практически единогласно, 24 голоса «за» при одном воздержавшемся, депутаты поддержали предложенную кандидатуру Евгения Жиркова.
С 2018 года стал новым заместителем главы Пушкинского муниципального района. 21 февраля 2019 года избран главой Пушкинского муниципального района.
В июне 2019 года Евгений Жирков задержан. Ему вменяют получение взятки и превышение полномочий.